Práctica sobre modelos de lenguaje genómicos para estudiar el potencial funcional y la asociación ambiental del microbioma marino

¿Qué buscamos?

Buscamos una persona que le gusten los desafíos, muestre interés en el aprendizaje, trabaje en equipo y pueda apoyar proyecto de colaboración a largo plazo. La pasantía tiene como objetivos: (1) Aplicar modelos de lenguaje genómicos preentrenados a genes de catálogos marinos, (2) Construir representaciones de secuencias de ADN y compararlas con descriptores basales, (3) Evaluar la utilidad de estas representaciones para predecir etiquetas de asociación ambiental y reconocer categorías funcionales, (4) Analizar la transferencia entre genes con y sin evidencia de anotación, así como la detección de clases funcionales excluidas del entrenamiento, (5) Documentar procedimientos y resultados para facilitar su reproducción y extensión a otros catálogos.

El/la pasante desarrollará bajo supervisión directa y utilizará la infraestructura HPC. Se proporcionará capacitación para su uso; no se requiere experiencia previa en esta plataforma. El trabajo se integrará a una investigación que compara representaciones de ADN y proteínas, con código y resultados previos como punto de partida. El alcance se ajustará a la duración de la pasantía y a la experiencia del postulante, priorizando un análisis reproducible sobre catálogos o subconjuntos seleccionados. No se requiere experiencia previa en oceanografía ni en entrenamiento de modelos fundacionales desde cero.

Aprenderás  sobre: 

El/la Pasante aplicará modelos de lenguaje preentrenados sobre secuencias de ADN para analizar genes de catálogos ómicos marinos. A partir de estudios previos, se extenderán procedimientos de generación de representaciones numéricas (embeddings) y evaluación predictiva a otros conjuntos de datos. El trabajo evaluará la utilidad de estas representaciones para reconocer categorías funcionales y predecir etiquetas de asociación ambiental, mediante comparaciones reproducibles con descriptores composicionales de las secuencias.

Tareas principales:

• Revisar bibliografía sobre modelos de lenguaje genómicos y sus aplicaciones en microbiología marina.
• Recibir capacitación en el uso de HPC, incluyendo acceso remoto, reserva de recursos, ejecución de trabajos en CPU y GPU y gestión de datos.
• Caracterizar los catálogos seleccionados, considerando calidad, longitud, identificadores, anotaciones y disponibilidad de información ambiental.
• Preparar secuencias de ADN y generar embeddings con modelos preentrenados en HPC, mediante procesos que puedan reanudarse sin duplicar el trabajo realizado.
• Calcular descriptores composicionales y preparar las particiones de evaluación siguiendo los controles de dependencia establecidos en el proyecto.
• Entrenar y evaluar clasificadores sobre las representaciones obtenidas, utilizando los protocolos y recursos disponibles.
• Elaborar tablas, gráficos y análisis comparativos que incluyan desempeño, costo computacional y limitaciones.
• Entregar código documentado y un informe técnico final.

Perfil del estudiante: 

• Área de interés:  Inteligencia artificial aplicada a biodiversidad y microbiomas marinos.
• Carrera: Ingeniería en Computación, Ingeniería Informática, Ciencia de Datos, Matemática, Estadística, Bioinformática, Biotecnología, Biología Computacional o carreras afines.
• Capacidad para abordar problemas de manera ordenada y analizar críticamente los resultados.
• Autonomía progresiva y disposición para trabajar bajo supervisión científica.
• Rigurosidad en la documentación, trazabilidad y reproducibilidad.
• Disposición para colaborar con profesionales de computación y ciencias biológicas.
• Compromiso con el uso responsable de recursos computacionales y datos científicos.

Conocimientos técnicos:

• Programación en Python y manejo de datos tabulares.
• Fundamentos de aprendizaje automático, clasificación y evaluación de modelos.
• Manejo básico de terminal Linux.
• Familiaridad con PyTorch u otro framework de aprendizaje profundo, deseable.
• Conocimientos básicos de genética, genómica y bioinformática, deseables.

¿Por qué ser parte de nuestro equipo Inria Chile?

En Inria, estamos a la vanguardia de la investigación en ciencias y tecnologías digitales, en la ambiciosa misión de un instituto público para la soberanía digital de Francia y Europa, donde las personas están en el centro. En Chile, lideramos la construcción de puentes entre dos naciones, fomentando la innovación y el talento en el campo de la IA.

Trabajar con nosotros significa:

• Ser parte de un proyecto binacional pionero con un impacto real en la investigación e innovación en IA.
• Trabajar en un ambiente dinámico, descubrir nuevos enfoques intelectuales, y desarrollar el espíritu de equipo.
• Colaborar con un equipo apasionado que busca la excelencia y la innovación constante.
• Contribuir a la vitalidad del equipo en una institución comprometida y responsable, atenta a sus empleados y a los retos a los que se enfrenta la sociedad.
• Beneficiarse de un entorno de trabajo agradable y estimulante, y de unas instalaciones de alta calidad.
• Enriquecer tu experiencia profesional en la encrucijada de la investigación y la innovación digital.
• Aprender todos los días y participar de actividades con expertos de primer nivel y una amplia variedad de ponentes invitados.

Nos mueve el compromiso colectivo, la colaboración constante, la ambición de enfrentar desafíos en busca del impacto y la diversidad como motor de la innovación son los valores que contribuyen a la energía de Inria Chile.

En Inria Chile:

• Valoramos la diversidad como motor de innovación y por eso buscamos contratar, apoyar y promover a personas de todos los géneros, nacionalidades, etnias y todos los niveles de experiencia, sin importar su edad. Alentamos especialmente las solicitudes de mujeres, personas de color, miembros de la comunidad LGBTIQ+, personas de género no binario y personas con discapacidades.
• Valoramos la inclusión y sabemos el valor que las experiencias y perspectivas individuales de las personas pueden aportar a una organización.
• Valoramos el bienestar de nuestros colaboradores y buscamos que logren el equilibrio óptimo entre el trabajo y la vida personal.
• Somos colaborativos y transparentes. Somos un equipo sólido, todos nos movemos con un propósito común.
• Somos amigables. Nos preocupamos por construir y promover un ambiente de trabajo positivo, respetuoso y motivador, que nace de, para y con cada uno de nuestros colaboradores.
• Inria Chile se enorgullece de ser un empleador que ofrece total igualdad de oportunidades. No discriminamos por motivos de origen, raza o etnia, religión, sexo, orientación sexual, identidad de género, edad, discapacidad u otros.

¿Qué ofrecemos?

• Distribución de horas de prácticas entre enero y febrero de 2027, según lo requerido por tu universidad.
• Horario desde las 09:00 a las 18:00 hrs. 
• Modalidad: presencial
• Ubicación: oficinas Inria Chile, Avda. Apoquindo 2827, piso 12, Las Condes, Santiago (metro Tobalaba). 
• Se entregará una compensación por concepto de colación y movilización de $350.000 pesos brutos.

¿Cómo postular? 

Escríbenos una carta de motivación contándonos sobre tus habilidades e intereses, queremos conocerte, además indicanos:

• ¿Por qué quieres ser parte de nuestro equipo?
• ¿En qué fecha podrías comenzar tu práctica? 
• ¿Cuántos meses puedes colaborar con nosotros?
• ¿Cuántas horas de prácticas debes realizar? 

Contesta a este formulario y sube tu carta de motivación junto a tu CV.

Recibiremos postulaciones hasta el 29 de noviembre del 2026.