¿Qué buscamos?

Buscamos una persona que le gusten los desafíos, muestre interés en el aprendizaje, trabaje en equipo y pueda apoyar proyecto de colaboración a largo plazo. La pasantia tiene como objetivos: (1) Aplicar modelos de lenguaje de proteínas preentrenados a secuencias procedentes de catálogos marinos, (2) Generar representaciones proteicas y compararlas con descriptores basales, (3) Evaluar su utilidad para clasificación funcional y predicción de etiquetas de asociación ambiental, (4) Analizar el reconocimiento de clases funcionales conocidas y la detección de clases excluidas del entrenamiento, (5) Comparar representaciones proteicas para identificar beneficios y limitaciones según la tarea, (6) Desarrollar procedimientos reproducibles para procesar grandes colecciones de proteínas.

El pasante podrá descubrir bajo supervisión directa, infraestructura HPC. Se proporcionará capacitación para su uso; no se requiere experiencia previa en esta plataforma. Se aprovecharán los procedimientos de generación de embeddings para estudiar su aplicación a otras comunidades marinas. El alcance se definirá según la duración de la pasantía y los recursos disponibles. Las predicciones permitirán priorizar candidatos e hipótesis cuya función deberá validarse experimentalmente.

Aprenderás  sobre: 

El/la Pasante podrá explorar modelos de lenguaje preentrenados sobre proteínas para analizar secuencias de catálogos ómicos marinos. A partir de la experiencia desarrollada previamente, se generarán y evaluarán representaciones de secuencia y, cuando corresponda, de estructura predicha. El trabajo comparará estas representaciones con descriptores basales, para estudiar su capacidad de reconocer categorías funcionales, predecir etiquetas de asociación ambiental y generalizar hacia grupos no utilizados en el entrenamiento.

Tareas principales:

• Revisar bibliografía sobre modelos de lenguaje de proteínas y sus aplicaciones en anotación y representación de secuencias.
• Recibir capacitación en el uso de HPC, incluyendo acceso remoto, reserva de recursos, ejecución de inferencias en GPU y gestión de datos.
• Caracterizar y preparar las secuencias proteicas, verificando identificadores, longitudes, duplicaciones y correspondencia con los genes de origen.
• Generar embeddings en HPC con modelos como ESM-2 y ESM3, según los protocolos validados y la disponibilidad computacional.
• Aplicar, cuando corresponda, el procedimiento existente de predicción estructural y extracción de representaciones, documentando su costo y limitaciones.
• Calcular descriptores de proteínas y preparar conjuntos de evaluación con los controles establecidos en el proyecto.
• Entrenar y evaluar clasificadores y detectores fuera de distribución, sin confundir ausencia de anotación con novedad funcional demostrada.
• Elaborar visualizaciones, código documentado y un informe técnico final.

Perfil del estudiante: 

• Área de interés: Interés en la intersección entre inteligencia artificial, proteínas y ecología microbiana
• Carrera: Bioinformática, Ingeniería en Computación, Ingeniería Informática, Ciencia de Datos, Biotecnología, Bioquímica, Biología Computacional, Matemática o carreras afines.
• Capacidad de análisis crítico y disposición para interpretar resultados favorables y desfavorables.
• Organización y cuidado en el procesamiento de grandes volúmenes de datos.
• Autonomía progresiva y comunicación clara de avances y dificultades.
• Compromiso con la reproducibilidad y la integridad científica.
• Disposición para colaborar en un equipo interdisciplinario.

Conocimientos técnicos:

• Programación en Python y manejo de datos.
• Fundamentos de aprendizaje automático y evaluación de clasificadores.
• Manejo básico de terminal Linux.
• Nociones de secuencias de proteínas, aminoácidos y anotación funcional.
• Familiaridad con PyTorch u otro framework de aprendizaje profundo, deseable.
• Conocimientos de bioinformática estructural y formatos FASTA o PDB, deseables.

¿Por qué ser parte de nuestro equipo Inria Chile?

En Inria, estamos a la vanguardia de la investigación en ciencias y tecnologías digitales, en la ambiciosa misión de un instituto público para la soberanía digital de Francia y Europa, donde las personas están en el centro. En Chile, lideramos la construcción de puentes entre dos naciones, fomentando la innovación y el talento en el campo de la IA.

Trabajar con nosotros significa:

• Ser parte de un proyecto binacional pionero con un impacto real en la investigación e innovación en IA.
• Trabajar en un ambiente dinámico, descubrir nuevos enfoques intelectuales, y desarrollar el espíritu de equipo.
• Colaborar con un equipo apasionado que busca la excelencia y la innovación constante.
• Contribuir a la vitalidad del equipo en una institución comprometida y responsable, atenta a sus empleados y a los retos a los que se enfrenta la sociedad.
• Beneficiarse de un entorno de trabajo agradable y estimulante, y de unas instalaciones de alta calidad.
• Enriquecer tu experiencia profesional en la encrucijada de la investigación y la innovación digital.
• Aprender todos los días y participar de actividades con expertos de primer nivel y una amplia variedad de ponentes invitados.

Nos mueve el compromiso colectivo, la colaboración constante, la ambición de enfrentar desafíos en busca del impacto y la diversidad como motor de la innovación son los valores que contribuyen a la energía de Inria Chile.

En Inria Chile:

• Valoramos la diversidad como motor de innovación y por eso buscamos contratar, apoyar y promover a personas de todos los géneros, nacionalidades, etnias y todos los niveles de experiencia, sin importar su edad. Alentamos especialmente las solicitudes de mujeres, personas de color, miembros de la comunidad LGBTIQ+, personas de género no binario y personas con discapacidades.
• Valoramos la inclusión y sabemos el valor que las experiencias y perspectivas individuales de las personas pueden aportar a una organización.
• Valoramos el bienestar de nuestros colaboradores y buscamos que logren el equilibrio óptimo entre el trabajo y la vida personal.
• Somos colaborativos y transparentes. Somos un equipo sólido, todos nos movemos con un propósito común.
• Somos amigables. Nos preocupamos por construir y promover un ambiente de trabajo positivo, respetuoso y motivador, que nace de, para y con cada uno de nuestros colaboradores.
• Inria Chile se enorgullece de ser un empleador que ofrece total igualdad de oportunidades. No discriminamos por motivos de origen, raza o etnia, religión, sexo, orientación sexual, identidad de género, edad, discapacidad u otros.

¿Qué ofrecemos?

• Distribución de horas de prácticas entre enero y febrero de 2027, según lo requerido por tu universidad.
• Horario desde las 09:00 a las 18:00 hrs. 
• Modalidad: presencial
• Ubicación: oficinas Inria Chile, Avda. Apoquindo 2827, piso 12, Las Condes, Santiago (metro Tobalaba). 
• Se entregará una compensación por concepto de colación y movilización de $350.000 pesos brutos.

¿Cómo postular? 

Escríbenos una carta de motivación contándonos sobre tus habilidades e intereses, queremos conocerte, además indicanos:

• ¿Por qué quieres ser parte de nuestro equipo?
• ¿En qué fecha podrías comenzar tu práctica? 
• ¿Cuántos meses puedes colaborar con nosotros?
• ¿Cuántas horas de prácticas debes realizar? 

Contesta a este formulario y sube tu carta de motivación junto a tu CV.

Recibiremos postulaciones hasta el 29 de noviembre del 2026.